Marcos era un judío consagrado, y puede haberse sentido incómodo con los gentiles que eran salvos. Algunos piensan que el regreso de Juan Marcos a Jerusalén ayudó a desencadenar la oposición de los judaizantes legalistas que más adelante se opusieron a Pablo (ve Hechos 15 y la Epístola a los Gálatas). Otra posibilidad es el temor al peligro, conforme el grupo avanzaba a áreas nuevas y difíciles. Cualquiera que haya sido la causa de su deserción, Juan Marcos hizo algo tan grave ¡que Pablo no quiso